Si, es debido a eso. Piensa que por ejemplo, cuando Sonic salta y está el "malo" en pantalla, tengo que actualizar los dos objetos. Son muchos sprites a cambiar las coordenadas x e y, además de realizar un scroll vertical. Mas o menos todo esto se cambia al principio de una interrupción de pantalla, y si tarda mucho en actualizar todas esas coordenadas, se encuentra que el chip de video ya ha mostrado parte de esos sprites en pantalla. De ahí los "glitches" o parpadeos. Además, cuando Sonic salta, tengo que cambiar continuamente el sprite de "giro" de Sonic, y eso significa desactivar el sprite anterior y hacer visible el siguiente del giro... ahí también puede suceder un parpadeo.
No es nada provocado directamente por el chip, sino que es la manera de redibujar los sprites por el programa de demo. La verdad es que me he encontrado con estos problemas por primera vez, dado que nunca había trabajado con sprites....
Saludos
César